Każdą niekorzystną decyzję podatkową podatnik ma prawo zaskarżyć do sądu administracyjnego. W takich sytuacjach obowiązkowa jest kolejność konkretnych działań. Aby wnieść skargę (czyli pismo, w którym podatnik domaga się uchylenia lub stwierdzenia nieważności danego rozstrzygnięcia organu podatkowego) podatnik musi najpierw wyczerpać wszystkie dostępne opcje pozwalające na zmianę niekorzystnej dla niego decyzji. Jeśli w postępowaniu podatkowym wyczerpane zostaną wszelkie możliwości dochodzenia słuszności racji podatnika, ma prawo podjąć kroki w celu zaskarżenia postanowień fiskusa.

Zgodnie z artykułem 3. par.2 punkt 1 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi decyzje podatkową jeśli podatnik uznaje decyzje podatkową za niezgodną z prawem może zaskarżyć ją do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Warunkiem koniecznym dla złożenia takiej skargi jest to, że podatnikowi nie przysługują już inne środki jak odwołanie (do izby skarbowej) lub możliwość złożenia wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy. Skarga musi zostać złożona na piśmie (nie ma możliwości złożenia jej w formie elektronicznej) oraz wymagane jest złożenie odręcznego podpisu pod skargą (przez stronę składającą skargę lub osobę upoważnioną). Jeśli mimo wszystko podatnik złoży skargę za pośrednictwem internetu, wtedy powstaje uchybienie formalne w postaci wymaganego podpisu i w wyznaczonym terminie należy uzupełnić brakujący podpis, jeśli skarga ma zostać uznana za skuteczną.

Co do czasu złożenia takiej skargi również istnieją pewne obostrzenia – należy ją złożyć w ciągu 30 dni od dnia otrzymania decyzji, przy czym dzień, w którym miało miejsce doręczenie decyzji nie jest brany pod uwagę. W wyliczeniach brane są zarówno dni robocze jak i dni wolne od pracy, jeśli jednak 30sty dzień upływa w dzień ustawowo wolny od pracy (sobota, niedziela lub święto) to termin mija w dzień roboczy następujący po wolnych dniach. Jeśli skarga zostanie wniesiona bezpośrednio do sądu administracyjnego a nie do właściwego organu podatkowego, wtedy sąd ma obowiązek przekierować taki wniosek, a za datę złożenia uznaje się dzień odesłania przesyłki. Jeśli sąd administracyjny wyśle skargę po upływie wymaganego terminu wspomnianego wyżej, pismo uznaje się za złożone po czasie.

Skarżący również zobowiązany jest do wniesienia opłaty (tak zwanego wpisu stosunkowego lub stałego). Wpis stosunkowy pobierany jest wtedy, gdy spór dotyczy należności pieniężnych i stanowi procent kwoty objętej zaskarżonym rozstrzygnięciem. W sytuacjach kiedy nie jest wymagane opłacenie wpisu stosunkowego, należy uiścić wpis stały, którego kwota jest kwotą stała, uzależnioną od charakteru sprawy. Wyżej wymienione opłaty można uregulować zarówno w kasie właściwego sądu jak i przelewem na rachunek bankowy.