Przedsiębiorcy prowadzący własną działalność zobowiązani są nie tylko do prowadzenia odpowiednich dokumentów księgowych, ale także do ustalania i wpłacania w ciągu roku zaliczek na podatek dochodowy. Niestety bardzo często problemem jest ustalenie wysokości takiej zaliczki.
Po pierwsze, osoba która rozlicza swoją działalność na podstawie podatkowej księgi przychodów i rozchodów, musi przede wszystkim ustalić swój dochód z prowadzonej działalności gospodarczej. Przychody osiągnięte od początku roku podatkowego do końca rozliczanego miesiąca/kwartału należy zsumować i od nich odjąć wszystkie koszty uzyskania przychodów poniesione w tym samym okresie. Różnica pomiędzy tymi kwotami, zapisanymi w ciągu roku podatkowego w księdze przychodów i rozchodów, uwzględniająca kwotę dochodów wolną od podatku i wydatki niestanowiące kosztów uzyskania przychodów ale zaliczone w tzw. ciężar kosztów uzyskania przychodów, stanowi dochód firmy (lub poniesiona stratę, gdy wartość kosztów jest wyższa od przychodów). Jednak w pewnych okolicznościach tak ustalony dochód musi zostać skorygowany o różnicę remanentową czyli różnicę pomiędzy remanentem początkowym a końcowym.
Spis z natury (zwany potocznie „remanentem”) jest sporządzany w celu prawidłowego ustalenia dochodu podatnika z prowadzonej działalności. Na podatniku spoczywa obowiązek sporządzenia spisu z natury na dzień 1 stycznia i na koniec każdego roku podatkowego (a w sytuacjach wyjątkowych także w ciągu roku np. przy zmianie wspólnika, rozpoczęcia lub likwidacji działalności w ciągu roku podatkowego lub zarządzenia sporządzenia remanentu przez naczelnika urzędu skarbowego). Choć przedsiębiorcy, zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów z 2003 roku, są zobligowani do wpisania wartości remanentu z dnia 1 stycznia do księgi podatkowej, nie oznacza to, że mogą zwiększać o jego wartość poniesione koszty uzyskania przychodów w trakcie trwania roku podatkowego. Wtedy za podstawę obliczenia zaliczki na podatek dochodowy przyjmuje się różnicę między sumą przychodów (kolumna 9. księgi przychodów i rozchodów), a kosztów uzyskania przychodów (podsumowanie kolumny 10. „Zakup towarów handlowych i materiałów według cen zakupu”, kolumny 11. „Koszty uboczne zakupu” i kolumny 14. „Razem wydatki”. Warto zaznaczyć, że podatnik może wybrać czy stosować w ciągu roku metodę narastającego sumowania kolumn (do podsumowanych kolumn przychodów i podsumowanych kolumn kosztów za dany miesiąc dodaje sumę przychodów i sumę kosztów ustaloną od początku roku do miesiąca poprzedzającego dany miesiąc) czy podsumowywać w ciągu roku tylko miesięczne zapisy w księdze podatkowej poprzez dodawanie kwoty przychodów i kwoty kosztów wynikających z podsumowania kolumn w poszczególnych miesiącach.
Jeżeli jednak podatnik na koniec miesiąca sporządzi remanent (z własnej woli lub na polecenie naczelnika urzędu skarbowego) towarów, surowców i materiałów pomocniczych, to w takiej sytuacji podstawa obliczenia zaliczki na podatek dochodowy musi zostać skorygowana o wartość różnicy remanentowej. Dochodem jest wówczas różnica pomiędzy przychodem z działalności a kosztami uzyskania przychodów skorygowana o wartość remanentu (koszty uzyskania przychodu zostają zwiększone jeśli wartość remanentu końcowego jest niższa od wartości spisu początkowego lub zmniejszone jeśli jest na odwrót).