Faktura za sprzedaż/nabycie towarów lub usług jest nie tylko dokumentem potwierdzającym, że taka transakcja miała miejsce, ale stanowi również podstawę do odliczenia podatku VAT. Wielu przedsiębiorców nie wie natomiast jak traktować duplikat takiej faktury, w przypadku jeśli jest konieczność do jego wystawienia.
Duplikat faktury wystawiany jest wtedy, jeśli faktura pierwotna uległa zniszczeniu lub w ogóle nie dotarła do nabywcy. Wtedy kupujący ma prawo wystąpić do sprzedawcy o ponowne jej wystawienie. Taka faktura musi zawierać słowo „duplikat”, z datą ponownego wystawienia, a nie datą z faktury oryginalnej. W zależności od tego, która strona zagubiła dokument, duplikat faktury wystawia się zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu nabywcy lub na wniosek nabywcy zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej u sprzedawcy (podatnika).
Przyjrzyjmy się teraz kwestii, co w sytuacji kiedy nabywca nie posiada faktury za zakup towaru lub usługi i pojawia się problem momentu odliczenia podatku VAT. Duplikat faktury jest równorzędny fakturze pierwotnej, ponieważ dokumentuje w ten sam sposób to samo zdarzenie gospodarcze co faktura oryginalna. Tak samo więc stanowi podstawę do odliczenia podatku naliczonego. Jeżeli podatnik odliczył podatek VAT z faktury pierwotnej, która została zagubiona lub zniszczona, to nie ma konieczności ponownego odliczania podatku przy wystawionym duplikacie (data otrzymania duplikatu nie ma w tym przypadku żadnego znaczenia, ponieważ stanowi on jedynie potwierdzenie uprzednio zaksięgowanej operacji). Jeśli podatnik otrzymał fakturę pierwotną i przed zaksięgowaniem jej uległa ona zniszczeniu (a VAT nie został odliczony) to podatnik nie może odliczyć podatku VAT z duplikatu faktury w miesiącu jego otrzymania. Jedynym sposobem na dokonanie tego jest korekta deklaracji VAT za miesiąc, w którym została wystawiona oryginalna faktura.
Jednak jeśli podatnik w ogóle nie otrzymał faktury, to odliczenia VAT z duplikatu faktury może dokonać na bieżąco, w miesiącu jego otrzymania i nie ma konieczności (ani obowiązku) korygowania deklaracji VAT za miesiąc dokonania zakupu towaru (duplikat traktowany jest wtedy jak oryginał faktury). Jeśli faktury lub duplikaty faktur zostały otrzymane z bardzo dużym opóźnieniem to pierwszym miesiącem (kwartałem), w którym można odliczyć VAT jest miesiąc (kwartał), w którym zostały spełnione łącznie dwa warunki: powstał obowiązek podatkowy i podatnik otrzymał fakturę. Oznacza to, że jeśli obowiązek podatkowy już powstał (w momencie zakupu towarów lub usług) to podatnik może odliczyć VAT z faktury otrzymanej z opóźnieniem lub duplikatu faktury najwcześniej w miesiącu (kwartale) otrzymania tego dokumentu (np. nabywca za zakupiony w styczniu 2016 r. towar nie otrzymał faktury i wystąpił o wystawienie duplikatu, który otrzymał w marcu tego samego roku – może więc odliczyć VAT z duplikatu tej faktury najwcześniej w marcu, a jeśli nie dokona odliczenia w tym miesiącu, to będzie mógł odliczyć VAT w deklaracji za kwiecień lub maj 2016 r.).